Как выяснило следствие, в 2018 году Афанасьев узнал, что сельскохозяйственный потребительский кооператив искусственно завышает объемы заготовки молока и получает завышенную субсидию. Желая получить выгоду, он не стал раскрывать эту информацию и решил договориться с директором кооператива.
По условиям их договоренности директор пообещал каждый год отправлять ему нужную сумму. Взамен Афанасьев обязался прикрывать его махинации. Таким образом, с 2018 по 2021 год директор предприятия перечислил заместителю министра 1 миллион 100 тысяч рублей.
Кроме того, Афанасьев, пользуясь своей должностью председателя комиссии по отбору получателей субсидии на заготовку и сдачу молока, незаконно предоставил этому предприятию повышенную субсидию. В результате таких действия бюджет Республики Саха потерял более 40 миллионов рублей.
Возбуждено уголовное дело «о получении взятки в особо крупном размере <…> и злоупотреблении должностными полномочиями, повлекшем тяжкие последствия».