Название «Анненкирхе» происходит от немецкого слова Annenkirche — буквально «церковь Святой Анны». Храм получил это название в честь матери Богородицы, а также в память о вкладе императрицы Анны Иоанновны, которая в 1735 году пожертвовала крупную сумму на строительство новой деревянной церкви.
Лютеранская церковь в Санкт-Петербурге впервые появилась в 1704 году — это была небольшая деревянная постройка на территории Петропавловской крепости. Позже её перенесли в район Литейного проспекта. В 1735 году началось строительство нового здания, которое было завершено в 1740 году. Именно тогда церковь официально назвали церковью Святой Анны.
В 1775 году по проекту архитектора Юрия Фельтена заложили каменное здание церкви, которое освятили в 1779 году. Оно стало известным архитектурным памятником: у храма было два фасада — на Кирочную и Фурштатскую улицы, а интерьер украшали ионические колонны.
Интересно, что в 1826 году Четвёртая Артиллерийская улица (ранее Пятая Линия), на которой расположена церковь, была переименована в Кирочную — от немецкого слова kirche («церковь»). Это название улица носит до сих пор.
Сегодня Анненкирхе — действующая лютеранская церковь, входящая в состав Евангелическо-лютеранской Церкви Ингрии на территории России. Помимо богослужений, здесь проводят концерты, лекции, выставки и другие мероприятия.